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建行卡的短信服务费是通过以下两种方式扣除的。
1、从用户的银行卡余额直接扣除，当用户在建行办理银行卡时，可以通过窗口或网上银行渠道开通短信服务提醒功能，收取短信服务费，当银行卡余额发生变化时，建行会向用户的手机发送短信提示，并将相应的费用记入用户开通服务的银行卡中直接扣除，具体的扣费时间和金额可以通过手机银行或网上银行查询，短信服务费是按月收取的。
2、通过绑定的手机号扣除，短信通知服务是与个人手机号码绑定的，所以服务费可以从与银行卡绑定的手机话费余额中扣除，如果用户不想使用短信通知服务，可以随时取消这项服务，取消这项服务不会影响银行卡的基本功能和其他交易提醒功能，但请注意，取消后无法收到银行卡余额变动的短信提醒服务，具体的扣费方式和标准可能会因不同的地区和账户类型有所不同。
仅供参考，如需获取更多信息，建议咨询建行客服人员或柜员，为了避免不必要的扣费情况，建议定期检查账户余额和交易记录，确保准确无误。